Tarptautinę Mėlynosios vėliavos programą koordinuoja nevyriausybinė organizacija – Aplinkosauginio švietimo fondas (Foundation for Environmental Education – FEE).
Kaip FEE narys, Lietuvoje Mėlynosios vėliavos programą koordinuoja Lietuvos žaliųjų judėjimas.

Mėlynosios vėliavos programa yra skirta savivaldybėms plėtojančioms turizmo paslaugas. Savivaldybių paplūdimiai ir prieplaukos atitinkantys Fondo reikalavimus vasaros sezonui apdovanojami Mėlynąją vėliava.

Aplinkosauginio švietimo fondo nustatyti reikalavimai paplūdimiams ir prieplaukoms skirstomi į keturias grupes: vandens kokybės, aplinkosauginio švietimo ir informavimo, aplinkosauginio valdymo, paslaugų ir saugumo.

Lietuvos žaliųjų judėjimo bei Aplinkosauginio švietimo fondo įgalioti asmenys privalo tikrinti ar paplūdimys bei prieplauka sezono metu atitinka keliamus reikalavimus.
Mėlynoji vėliava turi būti nuleidžiama, jei aptinkama trūkumų. Pakelti ją leidžiama tik tada, kai visi trūkumai pašalinami.